Ayer recivi una consulta de google veran trato de poner lo que ustedes buscan en google y yo no tengo para alludarles 
Que pasa cuando desinstalas compiz y no salen los bordes de ventanas?? o cuando instalas un programa que quieres que inicien bueno una de las soluciones mas faciles en gnome es hacer que cargen cuando GDM esta cargando el inicio de secion tomaremos el ejemplo de las ventanas primero la ruta es Inicio–>Sistemas–>Preferencias–>Seciones
Se abrira la ventana manager de seciones en ella puedes agregar los programas al inicio (Seccion Programas de Inicio), mirar, modificar prioridad de inicio y borrar los programas que inician (seccion actual) y por ultimo la opciones de secion recordara la secion actual con las aplicaciones ejecutandose si decides guardar tu secion actual.
Ahora para regregar un programa como tome de ejemplo metacity puedes agregarlo directamente o si ya inicia un gestor de ventanas que no es metacity lo ideal es quitarlo en la opcion de secion actual y la de programas de inicio pero si no lo allas simplemente usa metacity –replace y el reemplazara el gestor actual.
Ahora si queremos añadir nuestro propio script de inicio de secion tenemos que ubicar la direccion y agregarlo en los programas de inicio asi:
En fin Gnome trae muchas Herramientas de configuracion visibles y otras no tanto pero que estan alli espero les allude Saludos!
Mi estado : Ocupado 